Para que se vean bien los subtítulos sin omisiones ni caracteres extraños debemos cambiar la codificación de los subtítulos.

Para eso vamos en Opciones a Preferencias->Entrada/Codecs->Otros Codecs->Subtítulos

y en codificación de texto de subtítulos ponemos ISO-8859-1.

Salvamos, reiniciamos el reproductor y ya está.

 Fuente: Tuxapuntes